Sono state istituite alcune agenzie europee specializzate e decentralizzate con lo scopo di fornire aiuto e consulenza agli Stati membri e ai loro cittadini. L’istituzione delle agenzie è la risposta al desiderio di decentramento geografico e alla necessità di far fronte a nuovi compiti di carattere giuridico, tecnico e/o scientifico. Le agenzie UE sono raggruppate in quattro categorie:

• Agenzie comunitarie
  Un'agenzia comunitaria è un organismo di diritto pubblico europeo, distinto dalle istituzioni comunitarie (Consiglio, Parlamento europeo, Commissione, ecc.) e dotato di personalità giuridica. È istituita con atto di diritto derivato e svolge compiti molto specifici di natura tecnica o scientifica, ovvero di gestione, nell’ambito del cosiddetto “primo pilastro” dell’Unione europea.
• Agenzie per la politica estera e di sicurezza comune
  Agenzie istituite per svolgere compiti molto specifici di natura tecnica, scientifica e di gestione nell’ambito della politica estera e di sicurezza comune dell’Unione europea (PESC) - il “secondo pilastro” dell’UE.
• Agenzie per la cooperazione di polizia e giudiziaria in materia penale
  Un altro gruppo di agenzie è stato creato per aiutare gli Stati membri a cooperare nella lotta contro la criminalità organizzata internazionale. Tale cooperazione in materia penale rientra nel “terzo pilastro” dell’Unione europea.
• Agenzie esecutive
  Sono organizzazioni istituite secondo il regolamento (CE) n. 58/2003 del Consiglio (GU L 11 del 16.1.2003) , per svolgere determinati compiti relativi alla gestione di uno o più programmi comunitari. Queste agenzie hanno una durata determinata e devono essere ubicate nella sede della Commissione europea (Bruxelles o Lussemburgo).
• Agenzie e organismi di EURATOM
  Si tratta di organismi costituiti per realizzare gli obiettivi del trattato che istituisce la Comunità europea dell'energia atomica (trattato EURATOM). Gli obiettivi del trattato sono: coordinare i programmi di ricerca degli Stati membri per l'utilizzazione pacifica dell'energia nucleare, mettere a disposizione conoscenze, infrastrutture e finanziamenti per lo sviluppo dell'energia nucleare e assicurare un approvvigionamento sufficiente e sicuro di energia atomica.